Są wyjątki od obowiązku zapłaty VAT wykazanego na fakturze.

Stosownie do treści art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. W szczególności osoba ta jest zobowiązana z tytułu VAT wykazanego na fakturze niezależnie od jakiegokolwiek zobowiązania do jego zapłaty z tytułu transakcji podlegającej VAT. Takie rozwiązanie ma na celu eliminację ryzyka uszczuplenia dochodów podatkowych, jakie może powodować prawo do odliczenia. Bowiem, nawet jeżeli skorzystanie z tego odliczenia jest ograniczone tylko do podatków odpowiadającym transakcji podlegającej VAT, to niebezpieczeństwo utraty wpływów podatkowych nie zostaje zasadniczo w pełni usunięte, jako że adresat faktury nienależnie wykazującej VAT może ją jeszcze użyć w celu skorzystania z takiego odliczenia.