Dłuższa weryfikacja zwrotu VAT musi być właściwie uzasadniona.
Jeżeli podatek naliczony jest wyższy niż podatek należny, podatnik może albo przenieść nadwyżkę na następny okres rozliczeniowy albo zawnioskować o wypłatę nadpłaconych środków.

Przedłużając termin zwrotu organ zobowiązany jest do podania konkretnych okoliczności uzasadniających takie działanie, poprzez wskazanie konkretnej przyczyny dokonywanie jego dodatkowej weryfikacji.
„Powodem niedokonania zwrotu nie może być tylko sam fakt wydania postanowienia i powołanie się na ogólne powody dalszej weryfikacji, zwłaszcza gdy te same ogólnie jedynie nakreślone przyczyny stanowią podstawę kolejnego przedłużenia terminu dokonania zwrotu”.
(Wyrok WSA w Warszawie z dnia 09.12.2020 r., sygn. akt III SA/Wa 1967/20)

Zwrot nadwyżki następuje co do zasady w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia (termin podstawowy).
W przypadku powzięcia wątpliwości co do zasadności zwrotu, organ podatkowy może przedłużyć wskazany termin do momentu zakończenia weryfikacji rozliczenia. Przedłużenie terminu następuje w formie postanowienia.

„Organ podatkowy obowiązany jest zbadać ciągłość dotychczasowego przedłużania tego terminu (w tym w szczególności terminowego doręczania postanowienia o przedłużeniu), a ustalenia w tym zakresie powinny zostać przedstawione w uzasadnieniu rozstrzygnięcia. Ustalenia takie są niezbędne dla wykazania, że dopuszczalne jest (skuteczne prawnie) kolejne przedłużenie terminu zwrotu”.
(Wyrok WSA w Poznaniu z dnia 05.02.2021 r., sygn. akt  I SA/Po 50/20)